Первый ежемесячный семинар «Суперкомпьютерное и многомасштабное моделирование конденсированного состояния и живых систем»

На первом научно-методическом семинаре Лаборатории САММА старший научный сотрудник Чугунов А.О. выступил с докладом «Дизайнерский» блокатор калиевого канала: повышение селективности методом белковой топографии». Были представлены последние результаты в области компьютерного моделирования взаимодействия искусственного пептида Tk-hefu с его мишенью - калиевым каналом Kv1.3.

Пространственная структура пептида Tk-hefu в комплексе с калиевым каналом с указанием ключевых областей межмолекулярных взаимодействий.

Berkut, Chugunov, …, Vassilevski, 2017 (submitted)

В докладе было представлено описание основных принципов метода "белковой топографии": специального подхода к упрощению представления сложной молекулярной поверхности биомолекул с целью применения автоматизированного анализа свойств. Данный метод хорошо себя зарекомендовал в связке с длительными расчётами молекулярной динамики биополимеров.


Представлены результаты компьютерного моделирования свойств искусственного биологически активного пептида Tk-hefu, действующего на калиевые каналы живых клеток. При этом применение метода "белковой топографии" позволило найти точку для проведения направленного мутагенеза и в значительной степени улучшить биологические свойства данного пептида.

Данная работа является примером междисциплинарного исследования, выполненного в тесном сотрудничестве с биологами из Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН.

Здесь вы можете посмотреть расписание и темы дальнейших научно-методических семинаров «Суперкомпьютерное и многомасштабное моделирование конденсированного состояния и живых систем».