Open-source GPU-технологии для суперкомпьютеров: ученые разобрались в плюсах и минусах
Исследователи Международной лаборатории суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа НИУ ВШЭ, ОИВТ РАН и МФТИ сравнили работу популярных программ молекулярного моделирования на GPU-ускорителях AMD и Nvidia. В опубликованной работе в журнале International Journal of High Performance Computing Applications ученые впервые перенесли LAMMPS на новую open-source GPU-технологию AMD HIP.
Четвёртый семинар «Суперкомпьютерное и многомасштабное моделирование конденсированного состояния и живых систем»
На семинаре 15 мая 2018 года к.ф.-м.н. Полянский А.А. из ИБХ РАН прочитал лекцию на тему "Молекулярный механизм активации рецептора фактора роста тромбоцитов, опосредованный его трансмембранным доменом". В докладе представлены результаты комплексного исследования с использованием современных методов компьютерного молекулярного моделирования и биохимических экспериментов. Результатом стала модель активации этого рецептора, описание принципа работы онкогенной мутации и предложенная компенсирующая мутация в трансмембранном домене.
Третий семинар «Суперкомпьютерное и многомасштабное моделирование конденсированного состояния и живых систем»
В апреле состоялся третий научно-практический семинар, организованный Международной лабораторией САММА. На данном семинаре профессор Калиничев А.Г. продолжил рассказ о результатах участия в международном семинаре "ShaleXenvironmenT Qatar Dissemination event" по проблемам добычи сланцевых ископаемых и применении методов молекулярной динамики в этой области.
Второй ежемесячный семинар «Суперкомпьютерное и многомасштабное моделирование конденсированного состояния и живых систем»
На втором научно-практическом семинаре обсуждались итоги участия сотрудников Лаборатории в двух международных конференциях. Зам. зав. лабораторией Стегайлов В.В. и в.н.с. Тимофеев А.В. поделились новостями с международного суперкомпьютерного съезда "Supercomputing frontiers Europe 2018", прошедшего в Варшаве, а профессор Калиничев А.Г. рассказал о поднятой на международном семинаре "ShaleXenvironmenT Qatar Dissemination event" проблеме добычи сланцевых ископаемых и применении методов молекулярной динамики в этой области.
Первый ежемесячный семинар «Суперкомпьютерное и многомасштабное моделирование конденсированного состояния и живых систем»
На первом научно-методическом семинаре Лаборатории САММА старший научный сотрудник Чугунов А.О. выступил с докладом «Дизайнерский» блокатор калиевого канала: повышение селективности методом белковой топографии». Были представлены последние результаты в области компьютерного моделирования взаимодействия искусственного пептида Tk-hefu с его мишенью - калиевым каналом Kv1.3.
Школа-семинар «Поиск эффективных суперкомпьютерных архитектур в пост-Муровскую эру»
Мы стоим на пороге новой эры развития суперкомпьютерных технологий – после полувека экспоненциального роста производительности процессоров, дальнейшее наращивание скорости вычислений упирается в физические ограничения. Что это значит для суперкомпьютерной индустрии? Какие тенденции определят облик высокопроизводительных вычислений будущего? Эти и другие актуальные вопросы будут обсуждаться в формате докладов, дискуссий и неформального общения в рамках открытой школы-семинара в МИЭМ 11 декабря.
Мероприятие пройдет на базе Международной лаборатории САММА (http://samma.hse.ru) при участии АО «НИЦЭВТ», ОИВТ РАН и МФТИ.